L’église primitive date du XIe siècle et dépend étroitement de la fondation du couvent des Bénédictins de Lutry rattaché à Savigny-en-Lyonnais. Une reconstruction partielle du chœur, propriété du prieuré, intervient au XIIIe siècle et, après l’incendie de 1344, c’est au tour de la nef d’être transformée en passant à une architecture richement élaborée et rehaussée d’amples chapiteaux abondamment décorés de sculptures de haute qualité.
Après la conquête bernoise et l’introduction de la réforme en 1536, le clocher actuel est construit de 1542 à 1546 ; le clocher des Moines, sera, quant à lui, démoli en 1820 jusqu’à la hauteur de la voûte. De grands travaux, en grande partie l’œuvre des frères Bodmer, sont entrepris de 1570 à 1578 avec le renouvellement du portail et la façade occidentale ; à l’intérieur, la grande voûte du chœur monastique est remplacée par deux croisées d’ogive à clefs de voûte un peu excentrées.